С екипа на Щутгарт изиграва 236 мача и отбелязва 54 гола. „Магическото трио" Балъков-Бобич-Елбер прави фурор още в първия сезон на българина в тима. Носител на Купата на Германия през 1997, вицешампион през 2003, финалист за КНК през 1998, носител на Купа Интертото през 2000 и 2002 г. Определен е от привържениците на тима за най-добър играч в историята на Щутгарт.
